Wstąpienie Innocentego II na tron papieski w r. 1198 stanowi pamiętną epokę w historii inkwizycji. Papież ten umiał nie tylko utrzymać system nowo przyjęty przez kościół, lecz też zdołał rozkrzewić go i przeczekać aż się ustalą wszelkie innowacje, które jego przodkowie wprowadzić usiłowali. Widząc, że herezja Albigensów, tryumfuje nad apostolskimi bullami, niezadowolony sposobem wykonywania przepisów ułożonych przez koncylium w Weronie, postanowił wysłać na miejsce komisarzy, obowiązanych naprawić złe, któremu biskupi zapobiec nie umieli, i chociaż nie śmiał z razu odmawiać im znajomości spraw dotyczących herezji, znalazł jednak środki do unicestwienia prawie biskupiej władzy. Obawa aby zasady, które ustanowić pragnął, nie spotkały zbyt silnej opozycji, sprawiła także, iż Innocenty III nie nadał inkwizycji, którą ustanowił de facto, ani kształtu ani trwałości nieustającego i wiecznego ciała; lecz poprzestał na uorganizowaniu wyłącznej komisji, przekonany, że czas dokona i ustali jego dzieło.
W tym celu w roku 1213 papież ten polecił Piotrowi de Custelnau i Raulówi, mnichom z Citeaux w Gallii narbonejskiej, miewać kazania przeciw herezjom albigeńskim; czego też z niejakim powodzeniem dopełniali. Chwilę tę papież uznał za sprzyjającą zaprowadzeniu w kościele katolickim inkwizytorów, niezależnych od biskupów i mających prawo ścigać heretyków. TV skutek tego mianował apostolskimi legatami księdza de Citeaux tudzież mnichów Piotra i Raula, upoważnił ich do przedsięwzięcia wszelkich środków względem powrotnego skłonienia heretyków do katolickiej wiary, i do wydawania władzy świeckiej, po poprzednim wyklęciu, wszystkich, którzy by odmówili uległości. Po tej karze miał nastąpić zabór ich majątków i proskrypcja osób.
Jednocześnie z powierzeniem tak obszernej władzy opatowi i dwom innym mnichom z Citeaux, papież napisał do Filipa II króla Francji, do syna jego Ludwika, oraz do różnych hrabiów, vice-hrabiów i baronów tego królestwa, wzywając ich do prześladowania heretyków i do konfiskowania majątków wszystkich osób, przekonanych o sprzyjanie herezji. W nagrodę gorliwości obiecywał im zupełne odpuszczenie grzechów, podobne udzielanemu chrześcijanom udającym się do Ziemi Świętej dla pokonania niewiernych.
Wezwanie to Filip II przyjął dosyć ozięble i nie wdawał się zupełnie w tę sprawę. Ze swojej strony hrabiowie Tuluzy, de Foix, de Beziers, de Carcassonne i de Comminge, widząc iż Albingensowie niezmiernie się rozplenili, odmówili wygnania spokojnych i uległych poddanych, których proskrypcja wyludniłaby ich posiadłości i wyniszczyła źródło ich zamożności. Lecz usiłowania papieskich delegatów jeszcze bardziej sparaliżowane zostały przez trudności jakie, im nastręczali sami biskupi, którym koniecznie musiała nie podobać się takowa misja; to też mnisi z Citeaux prawie nic nie dokazali. Mimo jednak wszelkich zawad, nie stracili bynajmniej odwagi, i przybrawszy dwunastu innych mnichów swojego zakonu, oraz dwóch Hiszpanów, którzy się wkrótce wsławili, jeden pod nazwiskiem Diego Acebes biskup ósmy, drugi zaś jako Ś-ty Dominik de Gusman, nie przestawali ścigać heretyków.
Tymczasem panowie Prowancyi i narobonejskiej Gallii powolnie tylko i stronniczo wykonywali rozkazy apostolskiej stolicy, a najmożniejszy z pomiędzy nich Rajmund VI, hrabia Tuluzy, ciągle się wywijał. Legat, Piotr de Castelnau, ciągle groził mu klątwą, ale nie miał czasu wprowadzić gróźb swoich w wykonanie, bo go Albigensowie zamordowali. Okoliczność ta nastręczyła papieżowi powód do uorganizowania drugiej krucjaty przeciw heretykom, a szczególnej przeciw hrabiemu Tuluzy.
Ta druga wojna dała początek inkwizycji, którą papież przez swoich misjonarzy od tak dawna zapowiadał. Ci sami misjonarze w połączeniu ze Świętym Dominikiem i kilku innymi księżmi, zostali wówczas upoważnieni przez legata Arnualfa, nie tylko do opowiadania krucjaty przeciw heretykom, lecz do spisywania tych, którzy by odmawiali udziału w ich wytępieniu', do zbadania, jaką wyznawali wiarę; do pojednania z nawracającymi się heretykami i do oddawania upartych pod rozporządzenie Szymona hrabiego de Montfort, dowodzącego krzyżowcami.
Można zatem z pewnością twierdzić, że inkwizycja ustanowiona została we Francji w r. 1208, za panowania Filipa II i podczas pontyfikatu Innocentego III. Przekonamy się wkrótce, iż ta antychrześcijańska instytucja przebyła Alpy i Pireneje, miała wszędzie nieograniczoną władzę, trzęsła wszystkimi narodami i królami. Takim to sposobem pierwszy krok na drodze nadużyć sprowadza zawsze najzgubniejsze następstwa, jeżeli się mu nie zapobiegnie. Gdyby zwycięzca z pod Bovines, który miał tyle rozsądku, iż z razu nie sprzyjał zamiarom papieża, udając, że sprzyja komisji wyznaczonej do prześladowania heretyków, wypędził był tych fanatycznych misjonarzy, rozsiewających po jego państwie wojnę domową, nigdy może papieże nie śmieliby byli obwiniać biskupów o nieznajomość występków, przypisywanych heretykom, a inkwizycja delegowana, czy też nieustająca, nie byłaby mogła nigdy wykonywać straszliwych swoich obowiązków.
Jeżeli nie łatwo oznaczyć liczbę nieszczęśliwych Albigensów, którzy naówczas zginęli w płomieniach, to również nie podobna nie współubolewać żywo, czytając ówczesną historię, nad tysiącami osób skazanych na śmierć w najsroższych mękach, dla tryumfu religii, której bożki założyciel nadał charakter słodyczy i miłosierdzia.
Podczas wojny i misji przeciw Albigensom, prowadzonych z największą zaciętością, Innocenty III odprawił w r. 1215 nowe koncylium powszechne, zwane czwartym laterańskim. Na nim z rozkazu tego papieża ustanowiono nowe przepisy przeciw heretykom, daleko rozleglejsze i surowsze aniżeli postanowienia koncylium werońskiego. Upoważniono na nim delegowanych inkwizytorów do działania wspólnie z biskupami, lub nawet bez nich, jak to już się praktykowało, ale śmierć zaskoczyła Innocentego III pierwej nim zdołał nadać delegowanej inkwizycji, różnej od inkwizycji biskupów, form§ trwałą i nieustającą, którą przybrała pod następnymi papieżami.
Na kilka miesięcy przed śmiercią Innocentego, Święty Dominik, którego papież lubił za gorliwość w prześladowaniu heretyków, wyjednał u niego upoważnienie na założenie zakonu kaznodziejskiego, przeznaczonego do tępienia herezji. Papież z radością przyjął ten projekt, i wkrótce potem Ś-ty Dominik de Gusman uorganizował swój instytut, . któremu nadał regułę Ś-go Augustyna.
Święty Dominik także utworzył ową Chrystusową milicję której następcy stali się później tak groźnymi, pod nazwą inkwizycyjnych familiarów.
Innocenty III, skądinąd niezadowolony gorliwością biskupów i ich oficjałów, sądził, że w nowych zakonnikach, dominikanach, znalazł wszelkie przymioty potrzebne do wspierania jego widoków. Potrzeba było, aby duchowni, którym pragnął powierzyć obowiązki inkwizytorów wiary, zależeli zupełnie od dworu rzymskiego i całkiem oddani byli jego interesom. Dominikanie dawali mu dowody nieograniczonego przywiązania. Potrzeba było ludzi nie mających żadnych innych urzędów, którzy by wszystkie swoje starania skierowali ku jednemu i temu samemu celowi. Samotność i spokojność, w jakiej dominikanie obowiązani byli pędzić życie, a jaka ich nudzić zaczynała, zostawiała im dosyć czasu potrzebnego do ścigania bez przerwy heretyków. Potrzeba było, aby inkwizytorowie pochodzili z niższego stanu w oczach świata, iżby poczytywali sobie za zaszczyt piastowanie urzędu, którego wielu innych duchownych może by przyjąć nie chciało. Ubóstwo odzieży i kościołów, a nade wszystko żebranina i pokora, które ślubowali, powinny były skłonić ich do uważania urzędu inkwizytorów za rzecz pochlebiającą przyjemnie resztkom ich wrodzonej ambicji. Potrzeba było, aby nie mieli ani krewnych, ani powinowactw i stosunków, iżby nikomu nie potrzebowali okazywać względów ani szacunku. Wymagano od nich zaparcia się nawet nazwiska rodzinnego, co wielu uspasabiało do obojętności na wszelkie uczucia, jakimi przejmują i jakie utrzymują związki natury i przyjaźni. Potrzeba było, aby byli zatwardziali, nieugięci, nielitościwi, bo chciano utworzyć trybunał jak najstraszliwszy, o jakim nigdy dotąd nie słyszano. Surowość ich reguły i ostrość postępowania między samymi sobą, nie mogła ich natchnąć większym dla bliźniego pobłażaniem jak dla siebie samych. Potrzeba było, aby byli gorliwymi religiantami; a dominikanie byli takimi, jako nowo ustanowiony zakon. Potrzeba było, aby byli ograniczeni i niezręczni: ci mnisi znali tylko w ogólności scholastykę i nowe prawo kanoniczne. Potrzeba było na koniec, aby dla jakich-bądź wyłącznych powodów obchodziła ich zguba heretyków, a wytępienie tychże silnie obchodziło dominikanów, bo heretycy ciągle przeciw nim deklamowali i wszelkimi sposobami starali się zdyskredywać ich w oczach narodu.
Papież znalazł w tych zakonnikach wszelkie od inkwizytorów wymagane warunki, i bez trudności powierzył im te obowiązki. Przekonamy się wkrótce, o ile przeszli jego oczekiwania. Honoriusz III, następca Innocentego, tak był zadowolony postępowaniem Ś-go Dominika i jego towarzyszów, że upoważnił rozkrzewienie tego zakonu po wszystkich chrześcijańskich krajach; wkrótce więc dominikanie pojawili się w Hiszpanii i Włoszech. Historia nie wskazuje zgoła, iż inkwizycja zaprowadzona została w Hiszpanii jednocześnie z zakonem Ś-go Dominika, jak to przypuszczają niektórzy historycy; zdaje się owszem, że ją tam urządzono dopiero w r. 1232, jak to wkrótce obaczymy. Pewną atoli jest rzeczą, że gdy w roku 1221 oznaki herezji okazały się nawet w samej stolicy kościelnego państwa, Honoriusz musiał ustanowić instytucję przeciw heretykom włoskim i wyjednać u cesarza Fryderyka II nadanie jej siły praw cywilnych. We trzy lata później, inkwizycja istniała już w całych Włoszech, wyjąwszy Rzeczypospolitej Weneckiej, królestwa Neapolu i Sycylii.
Ponieważ historia inkwizycji włoskiej nie wchodzi w obręb naszego dziełka, wspomnimy więc o niej jedynie dla przytoczenia prawa przeciw heretykom, które w r. 1224 wydał tenże cesarz Fryderyk II, niegdyś wychowaniec Innocentego HE, który się ogłosił protektorem inkwizytorów. Pomiędzy innymi srogimi rozporządzeniami, prawo to stanowiło:
Inkwizycja, gdziekolwiek ją uorganizowano, wszędzie przybierała jak najgroźniejszą postawę; lecz jeszcze nie uzyskała formy nieustającego trybunału, co stanowiło główny cel, jaki sobie założyli papieże, ustanawiając tę instytucję; wtem Grzegorz IX zasiadł na papieskim tronie. Papieża tego tak usilnie zajmowały sprawy inkwizycji, że na koniec zdołał przemienić ją w trybunał, że zaś był gorliwym protektorem świętego Dominika de Gusman i osobistym przyjacielem świętego Franciszka z Assyżu, pozostawił zatem mnichów dominikańskich przy obowiązkach inkwizytorów; lecz dodał im franciszkanów, rozesłał ich po prowincjach, w których nie było jeszcze zakonników Ś-go Dominika, i poruczył współudział w pracach tych ostatnich, w wielu prowincjach, w których tamci już istnieli.
Gdy inkwizytorowie nieustannie ścigali herezję we Francji i Włoszech, tymczasem legaci papiescy kolejno zwoływali koncylia w Tuluzie, w Melunie, w Beziers, na których ponawiano prawa o heretykach, uchwalone uprzednio w Weronie i na czwartym koncylium lateraneńskiem; ciągle też przydawano do nich nowe surowe przepisy, które kościół oddawał pod rozporządzenie inkwizytorów. Te nowe przepisy stanowiły:
„Że wszyscy mieszkańcy, od lat 14-u wieku mężczyźni, a od 12-u kobiety, poprzysięgną prześladować heretyków, w razie zaś odmowy uważani będą za podejrzanych o herezję;
„Że ci, którzy regularnie trzy razy do roku nie będą stawali przed trybunałem pokuty, również podejrzani będą o herezję;
„Że każde miasto, w którem się znajdują heretycy, zapłaci markę srebra dla każdego, kto denuncjuje i przyaresztuje heretyka;
„Że wszystkie domy, które posłużą za schronienie heretykom, zostaną z ziemią zrównane;
„Że wszelka własność heretyków i ich wspólników zostanie zabrana, a dzieci tychże nie będą miały prawa upominać się choćby o najmniejszą cząstkę;
„Że heretycy nawróceni dobrowolnie, nie będą mogli zamieszkiwać nadal w tym samym kraju;
„Że obowiązani będą nosić na odzieży dwa żółte krzyże, jeden na piersiach, drugi na plecach, aby ich zawsze można było odróżnić od innych katolików;
„Na koniec że żaden świecki nie będzie mógł czytać Pisma Świętego w języku gminnym."
Nie poprzestając na ustanowionych przez konsylia wszelkich tych surowych środkach, Grzegorz IX wydał w r. 1231, piorunującą bullę przeciw heretykom, mocą której wyklinał ich wszystkich i rozkazał wydać władzy świeckiej, aby otrzymali odpowiednią występkowi karę.
Wszystkie te rozporządzenia wykonane pod wyłączną protekcją Ś-go Ludwika i cesarza Fryderyka II, udzieloną mnichom inkwizytorom, nadały inkwizycji kształt i charakter przechodzący nadzieje kościoła, a tern samem niezmiernie rozciągłą czyniły świecką władzę papieży.
W owej epoce Francja i Włochy jęczały pod okropnym jarzmem inkwizycji, a król neapolitański zaprowadził ją w swoim kraju. Papieżowi Grzegorzowi IX pozostawało już tylko narzucić ją Hiszpanii. Chwila była sprzyjająca, korzystał z niej.
Ciemnota i fanatyzm przyzywały inkwizycję poza Pireneje; przebyła je zatem razem ze swoimi barbarzyńskiemu kodeksami i rozpostarła się w owych pięknych prowincjach, które wkrótce posłużyły za główną widownię krwawych egzekucji.